Viajar con niños con doble nacionalidad

Mi nombre es Héctor y actualmente vivo con mi pareja de nacionalidad Española/Peruana, la cual esta en tramite de divorcio de su Ex-marido que vive en Perú, ella lleva separada de él más de ocho años y trajo a sus dos hijos a Barcelona hace tres años, ellos también tienen la doble nacionalidad, pues bien ahora ella tiene que viajar al Perú y quiere llevar a los niños para que vean a sus abuelos maternos, pero el problema es que si viaja con pasaporte Peruano al regreso a España le pedirán la autorización del Padre, lo cual no la tiene ni él se lo dará nuevamente.
Ahora si viajan con pasaporte Español todos, habrá problema para salir aquí y si no lo hay, pueden entrar y salir del Perú sin problemas.