La Santa Inquisición

Te ruego me disculpes, pero el propio sistema puso esa opción cuando ya había pasado más de una semana de la respuesta. En todo caso, me alegro mucho que la respuesta te pareciera buena.
Pasando a tu pregunta, en realidad son 3 preguntas en una, así que paso a responder cada una.
¿Está la inquisición en contra del evangelio? Ciertamente. Ahora bien, el juicio histórico que podamos hacer de los sucesos de otra época es una materia que excede largamente este espacio, pero te aseguro que hay mucho más que decir que la leyenda negra de "murieron millones de herejes". Por otro lado, el juicio ético de las personas que intervinieron en esos episodios ya está hecho, por la Justicia Divina. ¿Qué nos queda a nosotros? No ver la paja en el ojo ajeno sin quitar la viga del propio, es decir, no juzgar a los inquisidores, mientras nuestro mundo tolera la muerte de millones de inocentes.
¿Qué pasaría si se reavivara esta concepción? Imposible saberlo. Es como preguntar qué pasaría si todo el desarrollo de los Derechos Humanos desapareciera totalmente de la mente de 6 millones de personas. Puesto en tal caso, no hay que preguntar qué haría la Iglesia Católica, sino que haría yo.
¿Cómo justifica...? La Iglesia Católica no justifica estos hechos, los reconoce y los llora como infidelidades a Cristo, tal como lo hiciera San Pedro la noche en que NSJC fuera crucificado. En todo caso, la IC espera el perdón de Dios porque su arrepentimiento es sincero, y no se desesperará como Judas.
Si buscas un poquito en Internet no te costará encontrar material en español sobre el debate de la inquisición. La posición católica en este debate no apunta a justificar estos pecados, sino a no hacer un juicio apresurado o propagandístico de los hechos. Lo lamentable es que este prejuicio de hechos pasados se emplee para juzgar a los católicos modernos, eso me parece inaceptable ¿no te parece?