Comparar bases de datos

Vamos a ver si estamos hablando de Access Tendrías que importar las tablas de una base de datos en la otra mediante la opción Obtener Datos Externos Importar, si las tablas se llaman igual en las dos bases de datos Access te las importará añadiendo un 1 al final del nombre de las tablas que importes. Una vez tienes las tablas mediante el Asistente de Consultas, te puedes crear dos consultas que te van a comparar las tablas a saber:
Asistente para búsqueda de duplicados.
Asistente para búsqueda de no coincidentes.
Con estos dos asistentes te puedes crear una consulta que te diga los registros duplicados y los que no están en una o en otra tabla.