Servidor de Base de Datos

Hola...

Estoy instalando mySQL en un servidor bajo Windows, actualmente lo tengo en uno de 8GB de Ram y procesador Intel Xeon 4 Núcleos, La versión mysql-5.5.17-win32 me funcionó bien, pero al momento de actualizar a mysql-5.6.10.1 64bit que fue la versión mas reciente que encontré en el sitio de mysql, una tabla que tiene un millón de registros se pone lenta con los query y hace que se represen todas las consultas y el sitio se caiga, pensé que era el servidor y lo actualicé a un Intel xeon 2 Procesadores de 4 núcleos y fue peor, ya ni con la versión mysql-5.5.17-win32 me funciona.

El sitio tiene unas 5.000 visitas que mantienen conectadas a diario haciendo transacciones, este es un server único para la DB y 3 mas de la misma capacidad para el sitio web y el proceso de las aplicaciones.

Muchas Gracias.