Rendimiento de MySql

Hola a tod@s los expertos!

Necesito una ayuda con lo siguiente: Tenemos un servidor VPS donde tenemos alojados un par de sitios, dentro de estos sitios corren unas aplicaciones desarrolladas en PHP con base de datos en MySql, funcionan perfectamente sin embargo hay ocasiones en las que la aplicación se tarda mucho en hacer las consultas, en mysql active un log para que registre las consultas que tardan mas de dos segundos y veo que algunas consultas en ocasiones tardan ese tiempo, en otras ocasiones son Insert muy sencillos y no se a que se debe.

No se si con este dato me salgo del dato de MySql, pero lo único extraño que he podido ver en las estadísticas del VPS es un consumo excesivo en temas de I/O, que regularmente coinciden con problemas de lentitud aunque no necesariamente.

Para dar mas detalles las bases de datos en mysql la mayoría están en motor INNODB, dos de las bases de datos están haciendo replicación en un servidor local (observación: el problema viene desde antes de realizar esta replicación), las aplicaciones no tienen mucha concurrencia de usuarios, estamos hablando de unos 30 usuarios máximo simultáneos en total para todas las aplicaciones, realice algunas configuraciones adicionales en el My.cnf del VPS para mejorar el tema de la cache y esas cosas pero no mejoro ni empeoro con los cambios, he colocado algunos logs especificios en script donde se que hace algunas consultas algo complejas, para medir los tiempos de respuesta y todo este tema, pero las consultas se ejecutan en tiempos razonables, (se han venido optimizando las que marcan tiempos elevados), algo que se hace en varias partes de la aplicación es el uso de tablas temporales con motor memory, funcionan bien pero no se si pueden ser causantes de problemas.

Como ven hemos realizado un sin fin de pruebas pero no hemos logrado encontrar el problema.

Muchas gracias por la ayuda!

@andreslgo