Gestión de datos en tablas mysql desde Navicat (tablas relacionadas y varias bbdd)

Hola expertos, estoy trabajando en un proyecto para gestionar los datos de unas tiendas virtuales (magento) desde Access 2010 o Navicat

Se pretende dos apartados importantes:

1) no tener que entrar en el administrador de la tienda para poder actualizar stocks

2) Poder realizar etiquetas de envío, partes de montaje, gestión, etc. Con los datos extraídos de la bbdd remota

Primero de todo aclarar que el proyecto es para que desde una tabla en access se pueda actualizar los datos de stock y luego llevarlos a 6 bbdd distintas (6 tiendas con los mismos campos y mismas referencias(cuando sean coincidentes))

Entenderéis porque queremos evitar el tener que entrar en cada una de los administradores cada vez que tenemos una baja de stock, es mas sencillo hacerlo en local y luego actualizar las tablas correspondientes de las 6 bases de datos. (que podrían ser 20)

Hasta ahora tengo total acceso a las bases de datos desde access 2010 y Navicat, las tablas vinculadas se actualizan correctamente por separado, el problema viene cuando tengo que relacionar las 3 tablas necesarias para poder realizar una búsqueda y actualizar el stock.

Desde Navicat realizo una query para poder ver los datos y los muestra correctamente

SELECT
catalog_product_flat_2.`name`,
catalog_product_flat_2.sku,
cataloginventory_stock_status.stock_status,
cataloginventory_stock_item.is_in_stock
FROM
catalog_product_flat_2
INNER JOIN cataloginventory_stock_item ON catalog_product_flat_2.entity_id = cataloginventory_stock_item.product_id
INNER JOIN cataloginventory_stock_status ON cataloginventory_stock_item.product_id = cataloginventory_stock_status.product_id

Así muestro los campos nombre, referencia(sku) y los dos campos de stock que hay que modificar para dar de alta o baja.

Lo ideal seria poder modificar los datos de los campos cataloginventory_stock_status.stock_status,
cataloginventory_stock_item.is_in_stock

y que se actualizara pero al estar relacionadas las tablas no se hacerlo

He leído de crear una tabla temporal con los datos obtenidos para poder modificarlos y luego hacer el update, pero no tengo ni idea por donde empezar.

Llevo varios días pero no consigo salir del circulo, a ver si alguien me puede ayudar.

Gracias