¿Cómo crear campos nuevos en una replicación?

Tengo un replicación tipo mezcla donde intervienen 4 servidores, el principal (distribuidor y publicador) y 3 subscriptores en un ambiente de Windows 2003 server y SQL server 2000. Existen varias publicaciones donde se replican las tablas separadas a diferentes horas dependiendo de la necesidad de sincronización de la data. El problema radica en que quiero modificar las estructuras de varias tablas para agregar campos nuevos a tablas publicadas y cuando lo hago por el wizard del SQL da el mensaje de que se agotó el tiempo de espera. Cuando crea los campos los crea mal en los subscriptores colocándoles un corchete, por ejemplo: [campo_nuevo] También hay campos errados que no se pueden eliminar por el wizard porque dice que pertenecen a por procedimiento y no permite borrar dañando la publicación. Si hay que replicar datos para esa tabla da error la replicación, dice que no puede replicar esa columna y hay que hacer nuevamente todo: quitar las inserciones de mezclas donde están esas tablas, quitar esa tabla de la diferentes publicaciones, quitar el campo, agregarlo nuevamente agregarla tabla a las publicaciones, etc.,.
Esto trae como consecuencia que hay que traer los 3 servidores para poder hacer los cambios y volver a replicar toda la data nuevamente de las tablas que están en esa publicación.
¿Por qué sucede lo del tiempo de espera y se crean mal esos campos? ¿Hay otra manera de hacer o crear estos campos que no sea tan problemático y que no se dañen al momento de crearlos?