Proceso sqlservr.exe 100% cpu

Desde ya te adelanto que existe una documentación de microsoft sobre ciertos modos con que el XP SP2 puede afectar a SQL 2000, pero tal vez por deformación profesional en asuntos de soporte yo quiero partir de que ese no es tu caso.
Personalmente creo que esto no es algo especifico de esta categria sino más bien algo de sistema, mantenimiento etc.
Lo que sigue no quiere decir que no crea lo que dices ni que no este de acuerdo contigo en parte, ni que me guste hablar por hablar:
Deberías haber explicado si tu Pc iba normal, durante cuanto tiempo y con que, y cuando lento, antes o después de que instalar, etc.
Mi experiencia en Access me advierte que un PC no tiene porque ir lento debido a cierta tarea, aunque el administrador indique que dicha tarea ocupe el 100%.
Mi experiencia: Windows NT y Access 97 con una MDB con un panel de control.
Obviamente no es lo mismo, pero insisto, el que un proceso se trace con el 100% no tiene por que ser la causa de que el PC vaya lento en el 100% de las ocasiones.
Estoy abierto a comentar contigo, siempre y cuando especifiques, sistema, service packs, aplicaciones, etc.
Salud.

Yo empezaría por revisar la actividad que se está generando en sql server cuando la CPU llega al 100%.
La herramienta más apropiada para esto es "SQL Profiler", que te muestra que instrucciones SQL o procesos se están ejecutando y te permite revisar estadísticas relacionadas con el uso de CPU, por ejemplo.
COn esto identificas el problema, y posiblemente la solución salte a la vista.