Plataforma e-commerce

Con respecto a tu pregunta te puedo comentar que no se de muchas aplicaciones de e-commerce de java gratuita, en algún momento trabaje con http://www.konakart.com/ pero como que siento que le faltan algunas cosas.
Sobre las aplicaciones en php te puedo comentar lo siguiente:
OsCommerce: Se podría decir que fue uno de los pioneros en lo que es ecommerce.
Ventajas:
* Existe una comunidad muy grande
* Existen muchos plug-ins y modulos que puedes utilizar
* Existe muchos diseños para tu tienda virtual
* Es facil de instalar
* Es relativamente facil de administrar
* Existe documentacion en español
Desventajas:
* No es muy sencillo hacer el cambio de diseño de la tienda virtual
* Desde mi punto de vista es un programa que se esta quedando obsoleto con respecto de las nuevas generaciones de soluciones de e-commerce
MAGENTO: Es una aplicación de e-commerce con un diseño muy interesante, agregando nuevas funcionalidades, ademas se podría decir que es lo nuevo en aplicaciones de e-commerce.
Ventajas:
* Tiene un diseño grafico muy agradable a la vista
* Puede ser multi tiendas
* Existen varios modulos que se pueden agrergar facilmente
* Existe soporte tecnico por si necesitas ayuda
* Su comunidad esta creciendo dia con dia
* Tiene muchas funcionalidades
Desventjas:
* Es un poco dificil poder instalar el sistema
* Los requisitos del sistema son mayores en comparacion con otros sistemas de e-commerce
* Puede llegar a ser un poco dificil aprender a usar el sistema.
PRESTASHOP: Es una buena aplicación de e-commerce que no cuenta con todas las funcionalidades que Magento, pero que compensa estas faltas con una fácil administración, ademas que ya se esta trabajando en agregar más y mejores funcionalidades.
Ventajas:
* La instalacion es sencilla
* Facil de administrar
* Se puede instalar en casi cualquier servicio de hosting
* Existe una comunidad activa en español
* Tiene un diseño agradable
* Cuenta con modulos y diseños que se pueden agregar facilmente
Desventajas:
* Actualmente, no cuenta con todas las funcionalidades que tiene magento
En conclusión lo que te puedo comentar es que lo primero que tienes que hacer es definir el objetivo, por ejemplo si tu cuentas con la infraestructura tanto en personal como en sistemas, para la administración, actualización, uso, etc. yo te recomendaría que fueras por magento.
Pero si lo que deseas es contar con un producto ya probado y con un montón de módulos, plug-ins, manuales, asesoría, etc. te recomiendo que vayas por Oscommerce
En cambio si lo que deseas es tener una aplicación de buena calidad de fácil manejo, yo te recomendaría que fueras por prestashop.
Espero que esta respuesta te ayude, de todas formas si deseas mayor información o tienes dudas puedes contactarme.