Tienda Virtual

Depende de lo que quieras conseguir. Si quieres que se mantengan datos entre diferentes sesiones (por ejemplo, el nombre de usuario y la contraseña para un autologon, datos del carrito por si se va sin finalizar la compra, etc) tendrás que usar cookies permanentes. En caso contrario puedes usar las de sesión.
Yo creo que en el caso de la tienda debes usar cookies de sesión y que no quede nada registrado en el cliente. De ese modo das mayor sensación de privacidad. Tampoco utilizaría un sistema de autologon (por seguridad que siempre se registre) y si el usuario abandona la tienda y vuelve, que el carrito le aparezca de nuevo vacío.