Porcentajes o pixeles en las tablas

La principal diferencia radica en que si configuras el tamaño de tus tablas en PIXELES, éstos serán absolutos, es decir, si el usuario maximiza la pantalla, el tamaño de tu tabla seguirá tal como lo creaste.
Si especificas el tamaño de una tabla en PORCENTAJE, ésta se adaptará al tamaño de la ventana del Internet Explorer que esté viendo la tabla, es decir, si el usuario maximiza su internet explorer, el tamaño de tu tabla crecerá proporcionalmente al tamaño de la ventana del IE.