Javascript en archivos

Veo que ahí códigos empaquetados en unos archivos, lo cual sería interesante para mi página por estar cargada de mucho javascript no sé el programa pero por ejemplo valdría uno que tengo borrarlo y meter el código nuevo para que funcione, cual es el comando a introducir en la página para que cargue el archivo, y por ultimo hay códigos en las etiquetas head y al mismo tiempo parte en body como se haría en dos archivos distintos, y en ese caso cual sería también el código a introducir uno arriba y otro abajo.
Haber si me facilitas el comando y si puedo trabajar con el fichero antes mencionado.
Gracias.
Un Saludo.