Window.open()

Algo de este pelo creo pasa en el .NET con los eventos. Me hablaron de que, por ejemplo, el onchange de una lista salta dos veces en un cambio de selección... (porque si).
Puedes intentar cerrar la ventana o no se, porque seria cuestión de ver como implementa las funciones de javascript esa aplicación...
Me temo que no puedo hacer mucho más, porque buscar "magic" en google, comprenderás que no es viable, jejejeje
¿No tiene una ayuda o alguna página a la que recurrir para ver estas cuestiones?
Lo siento :(

Desafortunadamente no hay documentación en la web porque cuesta $$ y la ayuda que tiene no abunda en la programación Internet (también puedes programar online).
De cualquier forma te agradezco tu tiempo y tu ayuda.
Intentaré cerrarla...

No te entiendo demasiado lo que me comentas, estas usando algo tipo Visual Basic (. ¿NET?) ¿O algo así?
Esa función abre la ventana y te retorna una instancia de la misma para que después puedas acceder a ella para cerrarla, moverla etc...
En javascript normal sobre navegador no se suele utilizar demasiado, porque se cierra el pop-up desde ella misma...
var miVentana = window.open(....);
El código que pones es correcto, de modo que el "problema" es el interprete de javascript, que no lo esta gestionando bien.
¿Puedes darme más detalles sobre donde se esta ejecutando el javascript?

Gracias por tu pronta respuesta Gandalf,
Trabajo sobre una herramienta que se llama Magic, ¿la conoces? Efectivamente maneja un poco "raro" el código html y scripts, esta herramienta funciona por paso de parámetros, en pocos lados me permite ingresar código.
Para abrir este popup solo tengo una línea que es la llamada al siguiente programa y yo debo ingresarla de la siguiente forma:
javascript:window.open(....);
Espero se te ocurra algo!
Mil gracias.