Insertar código javascript en textarea con editor Tinymce

Hola buenas tardes,
Estoy intentando insertar un reproductor flash en un textarea con el Tinymce, pero pese a que tengo habilitados lo elementos válidos para que el Tinymce me permita meter código javascript, en el momento en el que le doy al botón "actualizar" del editor html del Tynimce me deja el código comentado, así:
<script type="...· ..> // <!-- CDATA[
 function....
//] </script>
He estado mirando en el js de tinymce y veo que efectivamente hay un replace para los casos de script, pero no sé como quitarlo sin fastidiar el código, porque si lo quito deja de funcionar el editor.
Alguna idea? Tiene que haber alguna manera o identificar esas lineas de código para poder borrarlas sin fastidiar nada..
Espero una respuesta porque este tema me tiene ya loca!!
Un millón de gracias por adelantado.