Tienes mucha información sobre las posibilidades de vídeo de Director en:
http://www.macromedia.com/cfusion/knowledgebase/index.cfm?id=tn_12109Básicamente existen 4 xtras, pero puedes usar cualquier otro xtra que esté disponible.
En la decisión tienes que tener en cuenta si vas a crear un cd para pc y mac, o solo para más o solo para pc. Si es para mac no lo conozco demasiado bien pero creo que lo más extendido es QuickTime, y además te ofrece multitud de posibilidades que otros codecs no ofrecen.
Para pc las posibilidades son amplias, cualquier codec que tengas te vale, pero ten en cuenta que si el usuario no dispone de ese codec tendrá que instalárselo ya sea porque lo distribuyes con tu cd o porque pones un enlace a una web donde puede descargárselo.
Lo mejor es que hagas pruebas con varios codecs y midas el tiempo que tarda en cargar, el espacio que ocupan los videos en disco, y la calidad con que se reproducen.
Codecs bastante usados actualmente son divx y mpeg.
Yo no tengo ninguna comparativa de cada uno de ellos, aunque también depende del tipo de vídeo que quieras codificar.
En resumen: lo mejor es que hagas pruebas con varios. Si es para Mac usa QuickTime, si es para pc y no quieres complicarte tienes que usar uno estándar aunque ocupen mucho los videos, y si necesitas que ocupen poco prueba con divx o con mpeg que comprimen bastante y con buena calidad pero tienes que incluir el codec en el cd.