Por fis

Si los objetos virus, defensas y anticuerpos tienen alguna parte de su funcionamiento en común, si puedes crear una clase genérica, luego creas las clases correspondientes a esos tres objetos que heredan las características de la clase general.
De cualquier forma, como comentas, tendrías que crear un script de tipo parent por cada objeto.
No tengo ni idea a qué te refieres con que chocan unos con otros. Supongo que has creado varios bitmaps que representan cada tipo de objeto y están en el escenario moviéndose de forma aleatoria. Cuando chocan tienen que realizar la función correspondiente. Entonces tendrías que programar esa función en cada método y tendrías que crear un método en cada objeto para saber con qué objeto ha chocado.
Supongo que ya tienes claros los conceptos de programación orientada a objetos en lingo. Pero aquí tienes algunos enlaces:
http://www.lingoworkshop.com/articles/scripttypes.php
http://www.furrypants.com/loope/
http://www.dreamlight.com/insights/07/objects.htm
http://www.macromedia.com/support/director/how/show/simplechild.html