Este es un problema que se debe a una de las tantas actualizaciones del internet explorer y más precisamente por un problemas de patentes. Con ningún otro navegador vas a tener ese problema.
Ahora bien como solucionarlo, hay dos caminos uno el oficial (solución dada por los creadores del dreamweaver) y otra es por código de terceros. En si la finalidad es insertar el archivo flash por medio de java.
Por el lado oficial la mejor opción es conseguir la version 9 de dreamweaver (cs3), ya que esta version ya los inserta de esa forma.
Otra si no consigues esta version es bajarte el parche para la version 8. (mínima version requerida), que agrega este script a su librería. Luego con solo abrir la página con el archivo flash, te la va a detectar y te va a recomendar que actualices su contenido, con lo cual hace todo solo, este parche lo puedes bajar acá: (para windows y español)
http://download.macromedia.com/pub/dreamweaver/updates/dw_8/8_0_2/win/dw8_802_update_es.exeAhora si quieres usar códigos de terceros te recomiendo que leas la siguiente página, que te da el link de descarga de dicho código y como usarlo desde el dreamweaver:
http://www.webexperto.com/articulos/art/252/evitar-activacion-de-flash-en-ie/