Problemas con capas

El problema que tienes no es que cambien los pixels de ancho y alto de la capa, los pixels que te varían son los de distancia con los margenes del documento, es decir, que te la "mueve" por así decir al cambiar la resolución.
Te cuento. Hay un terrible problema con las capas, y es que no permiten alineación, es decir, que no puedes ponerlas, centradas o alineadas a izquierda a derecha. Solo atienden a ubicación mediante pixels. Por eso lo que te pasara, es que cuando creas una página y sitúas una capa en un lugar. Si el usuario ve esa página y tiene una resolución distinta a la que tu pusiste, la capa le aparecerá en otra posición.
Por ejemplo, si pones una capa de 100 pixels en el lado casi derecho de la página, y su resolución es de 800X600, la situarías casi en el pixel 700(800-100 de la capa), pero cuando el usuario tenga una resolución de 1024, la capa le seguirá apareciendo en la posición 700, y tendrá un espacio en blanco hasta el final del documento que en el caso de su resolución es 224 pixels mayor que la página que tu preparaste.
Para estas incidencias, Dreamweaver aporta una herramienta, muy versátil y eficaz, puedes insertar todas las capas que quieras (ojo sin superponerlas), y una vez acabado esto, las seleccionas y vas al menu de Modificar/Convertir/Capas a tablas. Y el programa automáticamente, "reforma" todas las capas, para que con la misma ubicación y disposición, aparezcan como celdas de una tabla que el solo te crea. De este modo, como las tablas, si permiten alineación, puedes disponer de la situación que quieras.