Facturar en php

No entiendo tu pregunta. ¿Estas intentando imprimir la factura?. Si es así puedes crear un esquema de tu factura en una página php y seguido a esto exportarla a PDF con la librería FPDF.

No lo que pasa es, ¿cómo hacer una factura en php? Como facturar

Para crear una factura puedes utilizar las múltiples funciones matemáticas de PHP, y si lo que pretendes no se es crear una factura a partir de un carrito de compras, pues necesitas una base de datos bien sea en MySQL, SQL o la que sea donde en una tabla ya sea temporal o no tengas almacenados los productos con su valor unitario y a partir de la selección utilizada por el usuario operas el numero de artículos solicitados por el valor unitario del producto. Y tendrías el valor a pagar. Y luego le agregas los impuestos y todo eso y si quieres esa factura también la puedes guardar en otra tabla en la base de datos.
Si tienes otra duda

Si ya tengo la base de datos de artículos, familis y sub familia, con código precios, etc, en Mysql, pero como desarrollar la factura para que se vaya llenando no entiendo muy bien eso

A listo. Lo que tienes que hacer es lo siguiente.
Haces una consulta a la tabla de productos. Seguido a esto imprimes los resultados en una tabla y en cada fila incluyes un check para que el usuario seleccione el producto que desea y luego cuando haya terminado la selección envías los resultados a otra página y allí operas el valor del o de los productos chequeados por la cantidad solicitada.
Te envío un ejemplo. Tendrás que crear también en cada fila una caja en la que se registre la cantidad solicitada, es similar a lo del check.
<?php
$i=0;
$link=mysql_connect($server,$user,$pass);
mysql_select_db("asdasdasd",$link);
$res=mysql_query("select codprod,nomprod, valorprod from producto",$link);
while($vec=mysql_fetch_array($res)){
if($chk[$i]=="ON"){
echo"<tr><td>".$vec[0]."</td>";
echo"<td>".$vec[1]."</td>";
echo"<td>".$vec[2]."</td></tr>";
}
$i+=1;
}
?>

Me podrías aclarar un poco no entiendo muy bien,,,

En el código que te envíe se crea una tabla con cuatro celdas en la primera aparece un check que se crea dinámicamente. Lo que tienes que hacer es crear una celda con text también dinámicamente. Estos text servirán para que el usuario digite la cantidad del producto que desee. Una vez el usuario finalice su selección y demás, envías los datos a otra página y en esta procesas los datos es decir tomas los datos acerca del precio y la cantidad de los productos seleccionados y los operas y de esta manera generarías tu factura.
Si quieres enviame un correo a [email protected] y te enviare un ejemplo completo de lo que tienes que hacer.

Quería saber si te había servido la ayuda que te envíe

No he entendió muy bien pero me dices que me puedes enviar el código fuente me podrías enviar a [email protected]