Registro,login,secion?

Pues una vez los alumnos estén logeados, deberás abrir la otra base de datos con las instrucciones adecuadas de PHP dependiendo del tipo de base de datos.
Lo que necesitas es el identificador del alumno en la vase de datos de las calificaciones. Quizás sea su nombre u otro tipo de identificador y entonces podrás realizar la consulta con un WHERE que filtre sólo las assignaturas donde se encuentre el alumno.
Sin más datos sobre el tipo de base de datos, sus tablas, etc. no puedo decirte nada más concreto.

Tengo una duda más, ya había pensado en hacer otra base de datos con un identificador que pedido en la primera el CURP(en mexico clave única de registro de población ).
Lo que no se(sinceramente) es como hacerlo, te muestro lo que realizo al iniciar Sesión:
login.php
<?
include('config.php'); //incluimos el config.php que contiene los datos de la conexión a la db
if(!isset(tengo una duda mas, ya habia pensado en hacer otra base de datos con un identificador que pedio en la primera el CURP(en mexico clave unica de registro de poblacion ).
Lo que no se(sinceramente) es como hacerlo, te muestro lo que realizo al iniciar Sesion:
login.php
tiny_mce_marker
SESSION[usuario]) ) //comprobamos que no existe la session, es decir, que no se ha logueado, y mostramos el form
{
//Creamos el form k irá a autentificar.php para comprobar los datos con la tabla users
echo '<form action="autentificar.php" method="POST">
Nick: <input type="text" name="nick" size="30"><br>
Password: <input type="password" name="pass" size="30" ><br>
<input type="submit" name="submit" value="Enviar"></form>';
}else{
//SI se ha logueado, mostramos el nick y la opción de deslogearse
//Este sería el menú que saldría a la gente que esta logeada, se puede modificar y añadir cosas
echo 'Bienvenido '. Tengo una duda más, ya había pensado en hacer otra base de datos con un identificador que pedido en la primera el CURP(en mexico clave única de registro de población ).
Lo que no se(sinceramente) es como hacerlo, te muestro lo que realizo al iniciar Sesion:
login.php
tiny_mce_marker
 SESSION[usuario]; //ej Bienvenido Juan
Echo '<br>Tu level es '. Tengo una duda más, ya había pensado en hacer otra base de datos con un identificador que pedido en la primera el CURP(en mexico clave única de registro de población ).
Lo que no se(sinceramente) es como hacerlo, te muestro lo que realizo al iniciar Sesion:
login.php
tiny_mce_marker
 SESSION[level]; //mostramos el level del user
if(tengo una duda mas, ya habia pensado en hacer otra base de datos con un identificador que pedio en la primera el CURP(en mexico clave unica de registro de poblacion ).
Lo que no se(sinceramente) es como hacerlo, te muestro lo que realizo al iniciar Sesion:
login.php
tiny_mce_marker
 SESSION[level] == 1)
{
//mostramos el link para ir a la pagina privada porque el user tiene level 1
//*Nota2: para cambiar el level a 1, se tiene k hacer manualmente por phpmyadmin
echo '<br><a href=paginaprivada.php>Ir a pagina privada</a>';
}
echo '<br><a href=logout.php>Salir</a>'; //link para deslogearse, iría a logout.php
}
?>

Veo que el control del login lo realizas correctamente.
Creo que al final, donde muestras el link de la página privada, quizás podrías poner otro link para ver las notas y en esa página, leer de la base de datos donde estén las calificaciones, extrayendo antes el CURP de tu tabla.

Hola, muchas Gracias por tu Respuesta en el siguiente foro cree lo que quiero que haga el sistema, este proyecto es para generar el script GPL.
http://csmexico.100webspace.net/php-fusion/forum/viewthread.php?forum_id=19&thread_id=5
Espero puedas Ayudarme a Crear este Proyecto. Con el Fin de Ayudar a Toda la Comunidad PHP, Gracias!