Tienes que tener en cuenta que para generar el fichero pdf (o contenido pdf) necesitas pasar todas las líneas que generas en tu documento html al objeto de FPDF, es como repetir la página en un formato "printer friendly":
<?php
require('fpdf.php');
unlink('doc.pdf');
$pdf=new FPDF();
$pdf->AddPage();
$pdf->SetFont('Arial','B',10);
$txtcuotas=10;
$txtcredito=200000;
$txttasa=0.50;
$txtvalcuota=200;
$pdf->SetFont('Arial','B',4);
$pdf->Cell(180,5,'Advertencia! Valores representados no válidos',1,1,C);
$pdf->SetFont('Arial','B',10);
$pdf->Cell(30,10,'Numero Cuota',1);
$pdf->Cell(30,10,'Capital',1,0);
$pdf->Cell(30,10,'Valor Cuota',1,0);
$pdf->Cell(30,10,'Interes ('.$txttasa.' %)',1,0);
$pdf->Cell(30,10,'Capital Pagado',1,0);
$pdf->Cell(30,10,'Valor Residual',1,1); //salto de línea
for ($i=1;$i<=$txtcuotas;$i++)
{
$intcuota=$txtcredito*$txttasa/100;
$cappagado=$cappagado+($txtvalcuota+$intcuota);
$valresi=$txtcredito-$cappagado;
$pdf->Cell(30,10,$i,1); //0,1 al principio siguiente línea
$pdf->Cell(30,10,$txtcredito,1,0);
$pdf->Cell(30,10,$txtvalcuota+$intcuota,1,0);
$pdf->Cell(30,10,number_format($intcuota,0),1,0);
$pdf->Cell(30,10,number_format($cappagado,0),1,0);
$pdf->Cell(30,10,number_format($valresi,0),1,1); //salto linea
}
$pdf->Output('doc.pdf');
echo "<a href=doc.pdf>Descargar doc.pdf</a>";
?>
He retodado un poco el código para que genere resultados diferentes línea a línea, por supuesto que el cálculo está lejos de hacer lo que se supone hace (es cuestión de buscar la fórmula correcta y aplicarla, creo que otro experto ya te respondió esta cuestión).
Importante, para que FPDF funciona debes instalarlo en tu server, es muy simple, sólo sube por FTP el fichero principal y la carpeta de fuentes que te vienen en el fichero de instalación.
Aquí puedes ver el ejemplo en acción.