Optimizar tablas en mysql con innodb

Hola experto como andas?
Te escribo porque tengo un problema bastante importante
tengo un sistema hecho en php y BD en mysql
Estoy necesitando optimizar las tablas, y que transcurrido cierto periodo de tiempo crece la BD con datos basura tras realizar indefinidos insert update y demas
EL problema es que no encuentro la forma de realizar esto...
He visto muchos script pero no me sirven. He probado con el comando mysqlcheck que me trae el xammp cuando lo instalo. Pero el problema es que este comando sirver solamente para tablas MyISAM y mi BD la tengo totalmente con InnoDB.
Espero que me puedas ayudar ya que lo necesito para terminar el sistema
SAludos desde ya
Un abrazo