Funciona en .htaccess pero no en sites-available

Buenas tardes, expertos.
Tengo apache2 sobre squeeze.
En /var/www/www.etxea.org/htdocs/.htaccess tengo ...

# Impide listar el directorio si no hay un index.*
IndexIgnore *
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
# Any HTTP request other than those for index.php, images, and
robots.txt is treated as a request for your index.php file
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt|user_guide)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
</IfModule>

... Y funciona perfectamente.
Lo que quiero es no utilizar .htaccess, es decir, pasar esto a
/etc/apache2/sites-available/www.etxea.org, para que (después de hacer
a2ensite www.etxea.org y /etc/init.d/apache2 restart) funcione todo de
la misma forma que en .htaccess
El contenido de www.etxea.org es el siguiente ...

<VirtualHost *:80>
ServerAdmin [email protected]
ServerName www.etxea.org
ServerAlias etxea.org
# Indexes + Directory Root.
DirectoryIndex index.php index.html
DocumentRoot /var/www/www.etxea.org/htdocs/
<Directory “/var/www/www.etxea.org/htdocs/”>
# Permite que todas las directivas .htaccess de ese directorio
tengan prioridad sobre las establecidas en el archivo de configuración
AllowOverride All
IndexIgnore *
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
# Any HTTP request other than those for index.php, images, and
robots.txt is treated as a request for your index.php file
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|robots\.txt|user_guide)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]
</IfModule>
</Directory>
# CGI Directory
ScriptAlias /cgi-bin/ /var/www/www.etxea.org/cgi-bin/
<Location /cgi-bin>
Options +ExecCGI
</Location>
# Logfiles
ErrorLog /var/www/www.etxea.org/logs/error.log
CustomLog /var/www/www.etxea.org/logs/access.log combined
</VirtualHost>

Sin embargo no funciona. ¿Cual es el problema? ¿El apartado IfModule se
coloca ahí o en otro sitio?
Un saludo.