Ok, entendido. Lo primero es tranquilizarte porque al amplificador no le va a pasar absolutamente nada siempre y cuando se respeten las impedancias, que en el caso que me comentas quedan idénticas al producto original así que puedes tener la seguridad que a tu amplificador no le va a pasar nada.
La diferencia básica entre un altavoz y el otro puede estar en las pulgadas del cono. A más pulgadas, más aire va a poder mover y por lo tanto más profundidad de graves va a tener.
La caja que tienes con dos altavoces de medios realmente es una caja con dos vías, por una parte la vía que corresponde a graves + medios y la vía que corresponde a los sonidos agudos (tweeter). El filtro (crossover) se encarga de separar las frecuencias y para el caso de los graves, en tu caso en concreto, no realiza un filtrado selectivo ya que para un mismo tipo de altavoz, aunque esté por duplicado, los está haciendo trabajar con ambos tipos de frecuencias (graves y medios). Lo ideal para un altavoz destinado a trabajar como subwoofer es utilizar un filtro específico que separe y distancie los sonidos graves de los medios de tal manera que el altavoz de graves solo reproduzca sonidos graves.
En tu caso has de conocer la respuesta en frecuencia del altavoz que elijas puesto que, aunque utilices el filtro que incorpora la caja, si el ancho de banda que tiene el altavoz es específico para graves te reproducirá correctamente los graves pero muy debilitados todos los sonidos que superen la frecuencia de corte superior (la que da paso a los medios). Por lo tanto, si tu idea es aislar el subwoofer y dejar en la caja original uno de los altavoces de medio y el tweeter no es mala idea siempre y cuando sea un altavoz específico para graves pues aunque comparta el filtro, aunque le lleguen los sonidos medios no tendrá la misma facilidad para reproducir estos sonidos medios como los tiene el otro de tal manera que los graves quedarán resaltados. Para rizar el rizo lo aconsejable sería que sustituyeras el crossover por uno específico para tres vías (graves o subwoofer, medios y agudos) porque tal y como entiendo que lo tienes el tuyo es un filtro de dos vías (medios y agudos)