¿Por qué los discos duros ralentizan tanto mi PC?

Las pasadas Navidades cambié el PC por otro nuevo, un Phenom X6 1090T, Asus Crosshair IV Formula, 8 GB RAM 1600, 1 HD 1Tb + 1 HD 2Tb, SO Windows 7 Pro 64 Bit.
Todo parece ir bien, va fluido en juegos, navega por la red bien también... Sin embargo, se ralentiza mucho cuando trabaja con los discos duros, de tal manera que va a saltos lo que en ese momento hay en pantalla o deja muchas veces al resto de programas que están trabjando como bloqueados, en estado de letargo, mostrando el circulito dando vueltas el puntero del mouse. Una vez que se apaga el la luz led del disco duro ya vuelve a ir con fluidez. Esto jamás me había ocurrido antes con anteriores equipos, por ejemplo, mi anterior AMD 3500+, también con 2 discos duros. También se aprecia cuando lo enciendes y termina de cargar Windows 7, he de esperar unos 15 o 20 segundos a que se apague el led, pues aunque el Escritorio está listo y el puntero visible en pantalla, si hago click en un icono no responde con rapidez, o si pretendo cargar un programa, a veces me da un mensaje de error, como que falta algún archivo importante en el Sistema Operativoy no es, por tanto, posible ejecutar la aplicación. Después de apagarse el led del HD ya sí que puedo.
¿Puede que tenga dañado algún Bus de la Placa Base y esto provoque tal colapso? Cuando me montaron el equipo en PC-Box ya hubo problemas con el hardware una primera vez, y terminaron sustituyéndome la placa y otros componentes, es decir, que esta placa ya es la segunda; sería mucha mala suerte que esta también tuviese problemas.
Gracias por vuestra ayuda y un saludo!
JJ.

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