Disco duros

Si no tienes problemas con las conexiones y tu segundo disco duro es más nuevo que el primero conecta el nuevo al ide primario como master porque seguramente es más rápido que el primero.
Para instalar windows desde cero tienes que saber si el disco de windows es actualización o completo. La diferencia está en que el completo se instala desde el cdrom y la actualización precisa de un disquete de arranque. Para instalar desde cdrom solo tienes que cambiar el orden de arranque (boot sequence) en la BIOS de forma que el cd sea el primer dispositivo de la lista (después de la instalación lo cambias otra vez) y para instalar la actualización hay que arrancar el pc desde la disquetera con el disquete de arranque y elegir la opción dos del menú que sale en pantalla ("con soporte para cdrom"). Cuando aparece el cursor en la ventana msdos cambias a la unidad de cdrom y tecleas instalar.
No es necesario tener windows en los dos discos porque el sistema solo se arranca desde el que hayas designado como unidad c.