Preguntas sobre Discos Rígidos...

Sin ningún genero de dudas ...:
NTFS .
Si deseas saber el porqué ... te recomiendo que te leas mis respuestas a otros colegas sobre el mismo tema .

Sin duda, tanto por aprovechar al máximo la capacidad, como por seguridad en tus datos, y fiabilidad, NTFS. Debes tener en cuenta que si luego quieres volver a un windows anterior, no admitirá ese tipo de partición, y te complicará un poco el asunto. Pero si vas a continuar con XP, convierte tu FAT32 a NTFS sin dudarlo.
El proceso ideal seria volver a formatear todo, y hacer una instalación limpia. Pero si no quieres hacer eso, tienes opción a particionar en el nuevo formato, sin perder datos, con Partition Magic 8.

Si eres amante de la seguridad y optimización del espacio no hay nada como NTFS, el problema que so lo pones es tanta la seguridad que en un super descuido ni tu podrás ver tus archivos.
Pero es lo mismo con FAT32 no pierdes mucho.
Así que no lo pongo yo, solo uso cuando tengo dos particiones.
Suerte

Sin duda es mejor ntfs es un file system más eficiente y rapido, ademas de proveer seguridad directa a los archivos.

A nivel de seguridad y de lectura o escritura el ntfs va mucho mejor.