Modificar archivo machine.config

He desarrollado una aplicacion de windows, que usa como BBDD SQLite. Cuando porto el programa a otro pc, aunque llevo la libreria de sql, tengo que modificar el archivo machine.config manualmente.
Mi pregunta es si alguien podría explicarme como puedo modificar ese archivo desde codigo cuando al iniciar la ejecución no detecte al proveedor.
He encontrado mucho sobre como leer datos del archivo machine.config, pero nada sobre como modificarlo.