¿Cómo programar en lenguaje C la matriz de incidencia de una red de petri?

Estoy trabajando con la modelización a través de las redes de Petri y necesito generar la matriz de incidencia en un programa codificado en lenguaje C. Con esta matriz, se puede saber cuantos nodos tiene la red (lugares y transiciones) y como están conectados entre sí, lo que permite conocer las funciones de entrada y salida de la red. Al seleccionar a la matriz de incidencia como el elemento principal para el manejo de la red de Petri, se está obligando a que el modelo base sno permitirá el manejo de autociclos. Pero no tengo idea de como iniciar.

REDES DE PETRI

http://computacion.cs.cinvestav.mx/~ameneses/pub/tesis/mtesis/node40.html