Migrar de delphi 3 a delphi 6

En principio no necesitas nada, salvo recompilarla en la nueva versión. En todo caso puede que tengas alguna instrucción que ha cambiado o bien ha cambiado de unit, el compilador te avisará y con la ayuda seguro consigues adaptarlo.
Si tienes componentes específicos, ejem grids, menús, rx etc. deberás de bien compilar esos componentes para el 6 o bien obtenerlos compilados para esa version.
En componentes comerciales, seguramente te exigen que pagues de nuevo licencia para la actualización.
Si tienes alguna duda más concreta, házmelo saber y te ayudaré.