Problema con archivos xml

Hola, tengo una pizarra interactiva cuyo programa utiliza archivo xml.
La configuración se guarda en un archivo XML, el cual guarda la calibración de la pizarra, pero cuando apago esta, se elimina los códigos de calibración del archivo XML.
¿A qué puede ser debido esto?
Me han dicho que puede ser algún programa que lo elimine, pero el ordenador donde lo tengo tiene cosas muy básicas.
Ademas lo he probado en otro equipo y me ocurre lo mismo.
Si hago lo mismo conla version anterior del programa de la pizarra si me lo respeta.
Un saludo

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En teoría el archivo XML, si lo esta creando físicamente no debería cambiar, sino ser siempre el mismo, si dinámicamente le estas cambiando los valores lo que tienes que revisar es que el archivo se guarde, porque si usas DOM, JDOM o SAX para leer el archivo XML, y le haces cambios al mismo dinámicamente dentro de tu sistema, lo que estas es cambiándolo en memoria y no te va a servir, prueba que una vez que hagas los cambios al archivo en memoria lo guarde en la pc con el objeto File y FileOutputStream

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