Dudas acerca de java

Lo que me pides es bastante extenso de contar. Te sugiero que busques en la wikipedia la palabra "Java" y adquieras la cultura general. De todas formas te respondo a varios de tus interrogantes:
1) Sólo hay un Java. Lo que cambia es, como tu bien dices, la orientación. Por ejemplo: Java se usa para programar aplicaciones con interfaz de usuario (aplicaciones windows de toda la vida), pero también se usa para programar aplicaciones que se ejecutan en un servidor web, como por ejemplo, una tienda online, con clientes, base de datos de artículos, etc.
2)String: es una clase básica de java. Sirve para definir un tipo de dato alfanumérico.
Por ejemplo:
String frase;
frase="Hola, que tal";
frase = frase + ". Me llamo Carlos";
En estas tres líneas que te he puesto, he definido la variable "frase", le he dado un valor ("hola que tal"), y luego le he concatenado más contenido, de forma que al final del todo, la variable vale "Hola, que tal. Me llamo Carlos".
3) Capa: este es un concepto muy genérico, y no pertenece a java. Si escuchas "Aplicación en 3 capas", significa que hay una capa de presentación (interfaz de usuario), una capa de lógica de negocio, y una capa de persistencia (base de datos). Este concepto es independiente del lenguaje de programación que uses.
4) MVC: Es el acrónimo de "Model View Controller" (modelo vista controlador). Es un patrón de diseño de aplicaciones, que se basa en tres capas. Una capa controladora, una capa de modelo de negocio, y una capa de presentación. Struts es un buen ejemplo de MVC. BUsca en la wikipedia "MVC" y "Struts", que te lo explicarán de maravilla.
5) Netbeans es una aplicación que sirve de ayuda para programar en Java. Igual que photoshop es una aplicación para retoque fotofráfico, pero no es la única, Netbeans no es la única aplicación que puedes usar para programar Java. Eclipse es otra app muy usada. Llegado al extremo, con un notepad y con el compilador java podrías programar, pero sería muy pesado y tedioso. Es como usar el paintbrush para retoque fotográfico.
Bueno, pues mucha suerte con tu inicio en el mundo de la programación.

Voy a decirte lo que sé acerca de estas cosas. También consulta a otros expertos.
Esto te lo digo porque yo aprendí JAVA por mi cuenta y aún soy joven (está en mi descripción je je) en el sentido que a mi edad solo estudio. Sin embargo, conozco bastante del lenguaje. (Afirmo que no he recibido JAVA a nivel universitario, por lo tanto cosas como bases de datos no las manejos, pero por ejemplo flujos de datos sí, yo también estudiaré eso :D)
Por otra parte:
MVC es Modelo Vista Controlador.
Programación por capas. (Ver el link)
String me parece clase de JAVA, no sé a que se refiere.
En este momento, lo más importante es que conozcas más de JAVA, puedes conseguirte un libro, por ejemplo "JAVA para estudiantes".
Investiga acerca de los ciclos for, while y do; condicional if, como definir métodos.
Te recomiendo que para empezar conozcas acerca de las clases: JFrame, JPanel, JOptionPane, String, JButton, JTextArea. Investiga acerca interfaces como MouseLister y KeyListener.
Debes tener presente que son estilos, son formas de guiarte a la hora de programar. Seguramente te encuentres algún día en un entorno en el cual se necesite alguno, pero lo más importante es que logres dominar el lenguaje. Puedes usar tu propia forma de programar por el momento.
En cuanto
Finalmente, te recomiendo éstas páginas que te aclararan mucho sobre los conceptos:
http://social.msdn.microsoft.com/Forums/es-ES/aspnetmvces/thread/acffc28f-b293-47c5-954c-7c943daeaf58
http://mx.answers.yahoo.com/question/index?qid=20090619154908AAPDf6c