Problema integración java y .net

Hola.
A ver si me explico bien y a ver si me puedes echar una mano.
Tengo una parte de código escrita en java y he desarrollado una aplicación web en .net para llamarla.
El tema es: tengo una aplicación en java, que integra un montón de librerías .jar para su uso. SObre todo para lectura y manejo de ficheros. Por ejemplo estoy empleando pdfbox.jar... Y otros .jar desarrollados por mí.
Para que el net pueda emplear mi programa MiJava.class, digamos para entendernos, lo he convertido a una dll con un programa que encontré por la red.
Creo mi proyecto en .net, y le agrego la dll convertida desde el .jar.
Si no hay llamadas de esa dll a otros jar no pasa nada y funciona, lo he probado, pero en el caso que nos ocupa, que es que esa dll depende de otras librerías, al llegar a la función que las llama, me da un error.
O sea, MiJava.dll llama a pdfbox.jar... Y ahí se fastidia.
¿Se te ocurre algo? ¿Habría qué convertir todo a dll? Aunque no sé en ese caso.. Porque el código de java en realidad llama al .jar original...
No sé si me he explicado bien.
Muchas gracias!
Hicock