Jni

Hola,
a ver tengo un problema en Linux con el JNI, creo compilo y hago todo y cuando en el código nativo hago llamadas a funciones de stdio.h como printf y tal va bien y hace lo que tiene que hacer, el problema se me presenta cuando, hago un include de una librería time.h compilo con los modificadores oportunos para obtener la librería y me compila bien, pero en ejecución me da un error de que las llamadas a las funciones de la librería time.h no las reconoce. Me traía loco así que hice el programa directamente en c y observe que cuando compilaba con cc -c Tiempo.c salia bien pero cuando compilaba con cc Tiempo.c me daba un error exactamente igual al de JNI, pero como esa llamada la hará java internamente yo no puedo tocar nada. Ademas porque las de stdio.h si vvan bien y las de time.h no, si tengo los dos y ademas están en la misma ubicación. ¿Me podrías ayudar?
Gracias