Problema que me parece ya irresoluble!

Hola, tengo una aplicación swing, la cual va llamando a distintos diálogos para recoger información. En ocasiones al finalizar la recogida, se llama a un método (ya habiendo hecho dispose() de la que recogió) que tiene mucha carga computacional
Mi problema es que la ultima ventana de recogida queda como colgada. ¿Qué puedo hacer?
NOTA ya he probado con distintos threads y nada, estoy desesperado. Lo único que me ha dado resultado es hacer un dialogo modal antes de ejecutar la llamada a dicho método, pero no parece nada elegante. Lo ideal es un JWindow con una JProgressBar, pero la he hecho y ya te digo, en el mismo Thread, en otro, ... Y nada
Gracias

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La verdad es que es bastante raro. Creo que deberías de comenzar con revisar el código que se ejecuta al recoger los datos, o el código del dispose si lo tienes sobrecargado. Da la impresión de que entra en un bucle infinito.
Una posible solución puede ser que en vez de ejecutarse el procesamiento de los datos en la ventana, que es lo que te la deja colgada, lo realicen en la propia aplicación una vez que esta se ha cerrado, para ello deberás crear un método que devuelva los datos contenidos en dicho dialogo, una vez que tienes los datos puedes optar por hacer el procesamiento en la propia aplicación o intentar de hacer nuevamente un thread que lo realize de forma transparente.
Si no te surge ninguna duda más agradecería que finalizaras la pregunta, tengo la sección de pendientes algo saturada.

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