Java - S.O.S

2-Tu sabes que las 5 primeras lineas del fichero es la cabecera, la sexta es en blanco, por lo tanto tienes que empezar a tratar a partir de la séptima linea del fichero.
1-Cuando en un StringTokenizer haces nextToken() te devuelve los caracteres hasta el primer token(en este caso el espacio en blanco) por lo tanto ya sabes que el primer nextToken() te devuelve 'C111010101', el segundo 'Albizu', el tercero 'Castro,', el cuarto 'Naiara' y el quinto '8.5'. Tratas el primero para saber la asistencia, el segundo, tercero y cuarto te dan el nombre y el ultimo la nota.
Al constructor del StringTokenizer le puedes pasar además del texto el separador de token (un espacio en blanco en este caso), por si no te devuelve los tokens antes descritos.

String archivo = String.valueOf(request.getAttribute("file")).trim();
int index;
index = archivo.lastIndexOf("\\");
archivo = archivo.substring(index + 1).toLowerCase();
if (archivo == null || archivo.equals("")) {
request.setAttribute("mensaje", "No a seleccionado ningún Achivo.");
request.getRequestDispatcher("Carga.jsp").forward(request, response);
return;
}
ServletInputStream in = request.getInputStream();
int indexBoundary = request.getContentType().indexOf("boundary=");
String boundary = request.getContentType().substring(indexBoundary + 9);
carga(in, archivo, boundary,fecha,session);
public Vector carga(ServletInputStream in, String archivo, String boundary,java.util.Date fecha,HttpSession session) throws Exception
{
try
{
Vector vecCarga = new Vector();
int i=0;
/* Grabar en servidor web */
byte[] buffer = new byte[1024];
int count = 0;
int n;
String inputLine;
int length;
int iteracion = 0;
while (true) {
iteracion++;
if ( (length = in.readLine(buffer, 0, buffer.length)) < 0) {
throw new Exception("No se han recibido los datos correctamente");
}
inputLine = new String(buffer, 0, 0, length);
//Situamos el puntero en posician de lectura del archivo
if (inputLine.indexOf("filename=") >= 0) {
if ( (length = in.readLine(buffer, 0, buffer.length)) < 0) {
throw new Exception("No se han recibido los datos correctamente");
}
inputLine = new String(buffer, 0, 0, length);
break;
}
}
//Se establece el tamano maximo del archivo
byte fileBytes[] = new byte[1000000];
if (inputLine.indexOf("Content") >= 0) {
length = in.readLine(buffer, 0, buffer.length);
if (length < 0) {
throw new Exception("No se han recibido los datos correctamente");
}
inputLine = new String(buffer, 0, 0, length);
}
length = in.readLine(buffer, 0, buffer.length);
if (length < 0) {
throw new Exception("No se han recibido los datos correctamente");
}
inputLine = new String(buffer, 0, 0, length);
vecCarga.addElement(llenar(inputLine,1,fecha,session));
int offset = 0;
i=1;
while (inputLine.indexOf(boundary) < 0) {
i++;
System.arraycopy(buffer, 0, fileBytes, offset, length);
offset += length;
length = in.readLine(buffer, 0, buffer.length);
if (length < 0) {
throw new Exception("No se han recibido los datos correctamente");
}
if ( (offset + length) >= 1000000) {
throw new Exception("El archivo que usted intenta mandar es más grande de lo permitido. No se pueden enviar archivos mayores de " +
1 + "Mbytes");
}
inputLine = new String(buffer, 0, 0, length);
if(inputLine != null)
vecCarga.addElement(llenar(inputLine,i,fecha,session));
}
RandomAccessFile raf = new RandomAccessFile("/var/tmp/C" +General.formato(General.fechaActual(),"yyMMddmm")+archivo, "rw");
raf.write(fileBytes, 0, offset - 2);
return vecCarga;
}catch(Exception e)
{
return null;
}
}
Y para leer,seria asi:
String grupoAlumno = Line.substring(0,1).trim();
String CantPracticas = Line.substring(0,2).trim();
o si quieres sacar la primera palabra:
StringTokenizer palabra = new StringTokenizer(Line," ");
While(palabra.hasMoreElements())
{
String palabra1 = palabra.nextToken();
int cantPracticasTotal = palabra1.count -1 ;
//Luego haces un for y comparas si es igual a uno es q ha ido.
}

Me parece que no te voy a poder ayudar demasiado, ya que yo no he usado String Tokenizer.
Sin embargo, lo que creo que debes ir haciendo es ir leyendo lineas enteras. Con un entero (inicializado a cero) vas almacenando la linea en la que te encuentras en cada momento (es decir, cada vez que leas una linea incrementas el contador). Para las 7 primeras lineas no haces nada (desde la de los **** hasta la linea en blanco, anterior al primer alumno). De esta forma pasarías de la cabecera.
Para cada una de las lineas siguientes (y mientras no llegues al final del fichero): lees la linea, te posicionas en el primer carácter (linea[0]) y obtienes el grupo. A continuación con un bucle (de 1 a 9) te vas posicionando en la rista de 0 y 1 y cuentas las clases a las que ha ido. Por ultimo muestras la información por pantalla.
Espero que te sirva de algo, no te puedo facilitar código, porque como ya te he comentado, no he usado el Tokenizer.