Entiendo lo que quieres hacer, el tema es que estas metiéndote en algo que va mas allá de la programación de power builder, ya que quieres controlar los procesos que se están ejecutando en la aplicación 2, nos vamos a nivel de sistema operativo.
Hace unos años atrás, hicimos un sistema de seguimiento y de control de accesos, en donde se guardaba todo lo que ejecutaba un usuario desde que ingresaba a la aplicación, que ventanas ejecutaba, las consultas que hacia, a que hora entraba y salia de cada una de ellas, las consultas que realizaba, con que parámetros, etc.
Nosotros esto lo usábamos a nivel de supervisión, matábamos el proceso de la aplicación si el usuario entraba a hacer cosas que no debía para luego sansionarlo.
En tu caso, tendrías que ir guardando en una tabla todos estos movimientos para saber si se esta ejecutando dicha consulta. El problema es que no se de que forma podrías no tener varias instancia de la aplicación 2, es como que deberías matar el proceso de la aplicación 2 y volverlo a ejecutar con la consulta, no se si esto es lo que quieres hacer.