No pasar el foco

No se exactamente si el problema que tienes es que, una vez salido el messagebox, el usuario se pueda ir a otra aplicación, porque lo que es a la tuya (la que ha generado el messagebox) es imposible, ya que el messagebox siempre queda por encima de la aplicación generadora y es modal, con lo que no continua la ejecución de tu app hasta que no se apriete alguno de los posibles botones del messagebox.
Otra cosa es que tengas más aplicaciones abiertas y desplazes el foco a una de ellas.
Hay una posibilidad de que un formulario quede siempre visible y por encima de cualquier otra aplicación, lo que significa que te tocaría hacer un form con un aspecto y funcionalidad similar al messagebox. Cuando realices la carga del Form, en el evento Activate, llama a este procedimiento:
Private Declare Function SetWindowPos Lib "user32" (ByVal hwnd As Long, ByVal hWndInsertAfter As Long, ByVal X As Long, ByVal Y As Long, ByVal cx As Long, ByVal cy As Long, ByVal wFlags As Long) As Long
Public Sub pFormularioSiempreVisible(frm As Form, Optional ByVal Poner As Boolean = True)
Const HWND_BOTTOM As Integer = 1
Const HWND_NOTOPMOST As Integer = -2
Const HWND_TOP As Integer = 0
Const HWND_TOPMOST As Integer = -1
Const SWP_ASYNCWINDOWPOS As Integer = &H4000
Const SWP_DEFERERASE As Integer = &H2000
Const SWP_FRAMECHANGED As Integer = &H20
Const SWP_DRAWFRAME As Integer = SWP_FRAMECHANGED
Const SWP_HIDEWINDOW As Integer = &H80
Const SWP_NOACTIVATE As Integer = &H10
Const SWP_NOCOPYBITS As Integer = &H100
Const SWP_NOMOVE As Integer = &H2
Const SWP_NOOWNERZORDER As Integer = &H200
Const SWP_NOREDRAW As Integer = &H8
Const SWP_NOREPOSITION As Integer = SWP_NOOWNERZORDER
Const SWP_NOSENDCHANGING As Integer = &H400
Const SWP_NOSIZE As Integer = &H1
Const SWP_NOZORDER As Integer = &H4
Const SWP_SHOWWINDOW As Integer = &H40
If Poner Then
SetWindowPos frm.hwnd, HWND_TOPMOST, 0, 0, 0, 0, SWP_NOMOVE Or SWP_NOSIZE Or SWP_SHOWWINDOW Or SWP_NOACTIVATE
Else
SetWindowPos frm.hwnd, HWND_NOTOPMOST, 0, 0, 0, 0, SWP_NOMOVE Or SWP_NOSIZE Or SWP_SHOWWINDOW Or SWP_NOACTIVATE
End If
End Sub