Captura de ventanas

Hola, he realizado una aplicación que viene a ser algo parecido a un programador de tareas, Esta aplicación está pensada para funcionar sin la intervención del usuario. Pues bien, en ocasiones, cuando mi "programador de tareas" ejecuta una aplicación, dicha aplicación puede mostrar una ventana tipo msgbox con un mensaje, normalmente lo hace para buscar alguna actualización o para cualquier otra cosa. Mi pregunta es: ¿Cómo puedo hacer que automáticamente Mi aplicación pueda aceptar o cancelar (depende de lo que más interese) ese msgbox? Pero lo tendría que hacer solo, es decir, sin la intervención del usuario.
Muchísimas gracias por tu ayuda