Problema con IE 6 SP1

Simplemente verifica en HERRAMIENTAS>OPCIONES DE INTERNET>CONEXIONES>y activar el casillero Marcar siempre la conexión predeterminada.
Ademas verifica (en caso de que tu ISP no utilice proxys) que en configuración este desactivada todas opciones.
Suerte... No a la guerra.

En lo personal he tenido este problema un par de veces, y las dos han sido a que he particionado mi disco duro, sin la ayuda de un programa especial para tal efecto, como el partition magic, pero aún usando este y otros programas similares, siempre he experimentado algún tipo de problema, lo cual no debería de ser, por que cada sistema operativo debería de responder adecuadamente. El conflicto radica en el registro de windows, por lo que
el problema en tu caso se resolvería con la desinstalación "completa" del explorer en w98, esto es, usando algún programa especial para desinstalaciones como el full remover para eliminar todas las entradas, después usar el regcleaner para limpiar sin falla todo el registro de windows. La remoción completa del explorer nos permitirá instalar otro navegador sin problemas.
-Regcleaner. Es un programa freeware que puede bajarse de:
www.ciberimperio.com/
En caso de que el programa esté en francés, se puede pasar al español entrando en las opciones. Después de ejecutar el programa se entra en herramientas/limpiar registro/limpiar todo
El regcleaner también nos sirve para desintalar, usalo en caso de no encontrar disponible el fullremover.
Para desintalar se activa la opción de menú de desinstalación.
-Fullremover. Es un programa que requiere registrarse, para lo cual se debe introducir
la siguiente información en el menú de opciones:
Nombre: agrevorter
Número:51911904
Se obtiene en:
www.ciberimperio.com/
Espero que esta sugerencia te sirva, o hagas lo que yo...
Usar un sólo sistema operativo(milenium)y cuidarlo para que siempre responda como uno quiere... suerte

Lo primero de todo es comprobar que en el IE6 tienes la configuración correcta. Lo que tienes que hacer es ir al menu de "Herramientas", seleccionar "opciones de internet", una vez aquí has de ir a la pestaña de conexiones. En la parte superior te ha de aparecer tú conexión de acceso telefónico, te has de colocar encima y pulsar el botón de "configuración" y aquí has de tener seleccionada la opción de detectar la configuración automáticamente.
Yo creo que el error debe estar aquí, ya que igual tienes seleccionado algún rpoxy incorrecto o algo similar y por eso cuando te conectas no se configura con el proxy que te da tú proveedor de internet. Mira de cambiar esto y ya verás como te funciona.

Supongo que algún dato en la configuración de la llamada a internet no es correcto en win98.
No se me ocurre más que revises detalladamente o que crees una nueva conexión desde el principio.
Perdona el retraso pero he estado fuera un mes
Suerte
Ice