Protocolos y puertos

Primero, perdón por tardar en responder, pero estaba de vacaciones ;-)
En cuanto a todo lo que preguntas, creo que estas bastante liado.
Diferencias entre protocolos y puertos, todas.
Te voy a pasar un enlace para que vayas leyendo un poco. Si quieres después vamos hablando.
http://www.nodo50.org/manuales/internet/protocolos.htm

Básicamente tcp-ip es un conjunto de protocolos de red. Dicho en palabras simples, un protocolo es una serie de normas y comandos mediante el cual se realiza el trabajo para el cual fue creado. Lo podríamos asimilar a un idioma, con sus respectivas reglas y condiciones. Así tenemos un idioma para enviar correo, el cual tiene reglas distintas que el idioma para enviar archivos o para chatear.
Ahora como todos comparten un solo medio de comunicación, para poder diferenciar cada conexión y así saber que idioma se tiene que hablar, se usan los puertos. Estos básicamente son un numero el cual va asociado a un protocolo especifico. Por ejemplo para enviar correo uso el puerto 25 y "hablo" smtp". y para recibir el correo puedo hablar pop3 y lo hago a través del puerto 110.
De manera que si hago una conexión con un servidor de correo al puerto 25 y hablo pop3 me va a mandar un error.
En esencia eso es.
Si quieres mayor información y más concisa, lo mejor que puedo hacer es sugerirte un libro. Mira la verdad es que no me acuerdo bien el nombre, pero es algo así como programación en tcp-ip bajo c.
O algo por el estilo. Es un libro de color fuccia.
Lo encontraras en cualquier librería especializada, ya que es algo así como la biblia de programación en internet. En los primeros capítulos, te va a quedar más que claro el como funcionan los puertos, protocolos y la internet en general.

Para empezar, te recomiendo altamente que busques documentación sobre el modelo OSI (Opened Systems Interconections) Donde se detallan muchas cosas
Protocolos y puertos: La diferencia es muchísima, es de concepto. Por ejemplo, un protocolo es un conjunto de reglas definidas para establecer una comunicación, como por ejemplo el del correo electrónico, (es real este ejemplo, puedes hacerlo entrando con un telnet a un servidor por puerto 25);
EHLO hotmail.com (Saludo)
Hello hotmail.com please to meet you (Validación de saludo)
MAIL FROM: [email protected] (Quien manda)
Sender Ok (validación)
RCPT TO: [email protected] (Destino)
Recipient Ok (validación)
Data (ingreso del cuerpo del correo)
Saludos! (Cuerpo del correo)
.(Marcador de fin de cuerpo)
SEND (envío y fin de comunicación)
Si te fijas es todas unas reglas o protocolos para comunicarse, desde el saludo, de quien viene y a quien va. Esto puede variar según la versión de software de correo que tenga el server, pero es casi estándar.
Por otro lado, un puerto es el camino o puerta de acceso a un servicio dentro de un servidor. Supongamos que tienes un servidor llamado server.com y deseas enviarle un correo electrónico, ver su página web y transferirle archivos. Como son servicios diferentes y con la finalidad de no saturar la puerta de entrada, lo que se hace es asignar diferentes puertas, por ejemplo; para páginas web se le asigna el puerto 80, para recibir correos elecrónicos es el 25 y el FTP el 21. Puedes hacer la prueba con tu explorador haciendo lo siguiente: teclea la siguiente dirección http://www.webssg.com verás que no pasa nada ; ahora vamos a indicarle que vas a entrar por el puerto al que está direccionado ese servicio https://www.webssg.com:2087/ y verás que ahora te pedirá una contraseña pues es un puerto si quieres entrar a una zona segura, esto es porque el puerto está abierto para ese servicio y no por otro lado.
En resumen, el protocolo son las reglas y el puerto es el lugar de acceso.
Las computadoras para comunicaciones tienen 65800 puertos aproximadamente y en arquitectura electrónica tienen generalmente 1 LPT, 6 COM (aunque no todos habilitados), Varios USB y puede tener Firewire
Existen muchos links, búscalo con el texto que te comenté si bajas la especificación del estándar podrás entenderlo bien, o consigue un libro que se llama Redes de Computadoras de Tenenbaun, es muy bueno y claro.

Aquí hay algunos:
http://webs.ono.com/usr026/Agika2/3internet/puertos.htm
http://www.infoal.com/portal/continguts/articulos/Guia%20de%20seguridad%20en%20internet%20(virus,%20troyanos%20y%20puertos).htm
http://www.ayuda-irc.net/puertos.shtml

La computadora tiene 65535 puertos, cada programa sale por un puerto o puertos diferentes según las características del mismo.
Sobre los protocolos existen una gran variedad (no estoy seguro si esta cantidad esta definida)
Con un poco de paciencia puedes encontrar con el google muchos de ellos, puedes empezar mirando esta página:
http://www.websoporte.com.ar/newmanual.htm
Suerte

El protocolo es una serie de instrucciones o reglas que se siguen para que todas las computadoras se comuniquen de la misma forma. Uno de los más conocidos es el TCP/IP que viene de 2 protocolos que lo conforman, el TCP Transmission Control Protocol y el IP internet protocol y son los fundamentales de internet. En cambio los puertos son las ranuras USB, LPT1, puertos paralelos donde se conectan cables como por ejemplo el de red (utilizando protocolos), las impresoras, escáner etc y el numero varia de acuerdo al pc por ejemplo mi servidor cuenta con 8 puertos USB, 4 puertos paralelos. En eso radica la diferencia

Vamos a ver. Un protocolo es un conjunto de normas para transmisión de datos entre ordenadores. Por ejemplo, el protocolo de una red determinada. TCP/IP es el protocolo de internet, y mediante él se pueden comunicar ordenadores muy distintos (Macs, PCs, UNIX, sistemas incompatibles entre si). Un puerto es simplemente una dirección física o lógica de un ordenador. Imaginad una gran autopista, de varios carriles, por donde pueden circular datos. Si un determinado carril (puerto) esta abierto, los datos pasan al ordenador. En caso contrario, no. Para que 2 ordenadores se comuniquen se necesita un protocolo de comunicación y un puerto. Depende del programa a usar se puede necesitar un puerto u otro. FTP usa el puerto 21, mientras que otros programas usan otros. Buscad en:
http://www.abcdatos.com/tutoriales/redes/protocolos.html

No se si eres El o ella, pero yo me llamo jose y vivo cerca de la ciudad de mexico tengo 26 años y se que puedo ayudarte, pero antes que nada quisiera saber si lo que ati te interesa es hacer una red con 2 PC´s para compartir archivor, impresora e internet.
Bueno espero tu repuesta.
Hasta luego
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tambien checa estos links...
http://www.ayuda-internet.net/tutoriales/manu-red2pcs/manu-red2pcs.html
http://www.pchardware.org/puertos.php
http://www.terra.es/tecnologia/articulo/html/tec4779.htm
http://www.terra.es/personal2/pagina_de_fuika/tutoriales/puertos/puertos.htm
http://www.coloredhome.com/tarjeta_de_red/tarjeta_de_red0002.htm
http://www.multingles.net/docs/como_conectar_dos_pcs.htm
http://mx.geocities.com/gratismexico/index11.htm
http://elhacker.net/Textos1.htm#Redes