EN principio por TCP, pues es un protocolo universal que ambos implementan. SI solo necesitas conexión IP, lo único que tienes que hacer es configurar los adaptadores de red en mabos equipos con el mismo rango de direcciones IP (p ej, 192.168.0.x /255.255.255.0). Si además quieres poder acceder a los recursos que compartas en WIndows (y viceversa), o sea, impresoras, carpetas, etc, en Linux deberás instalar el SAMBA, que es lo que añade a Linux el soporte para el protocolo NetBIOS que emplea Windows en su Cliente para Redes Microsoft. Dependiendo de la distribución de Linux que uses, ten cuidado con la version de Samba que instales (se que la Samba 3 daba problemas con RedHat 9). Consúltame cualquier duda!