Error de arranque en SO

Hola, en primer lugar gracias por ayudarme, espero que puedas claro :).
He formateado el ordenador para pasar de w95 a w98 2ª edición, sin embargo ya conocerás los problemas de las fat y fat 32, pues eso, del disco de 3GB me quedo con 2 que es lo máximo que permite fat 16, pero al intentar convertirlo con el partititon magic 7, me da el siguiente error, que creo es debido a que instale el ms-dos "por debajo":
Error 625, La configuración de la unidad en el modo de arranque aparece diferente de como aparece en windows.
También me indica que esto normalmente se puede solucionar.
Intuyo que debería desinstalar el ms-dos porque ademas cdo le indico al SO que reinicie en modo ms-dos se queda parpadeando el prompt :(, vamos que no se exactamente como solucionarlo, espero que puedas ayudarme, un saludo.