El propio instalador de Windows Millenium te da la opción de formatear el disco donde vas a instalar es lo más fácil, también se podría hacer desde el disquete de inicio con el comando format, desde luego desde no vas a poder es desde el MS-DOS de Windows pues es imposible borrar un Windows que es el que ejecuta ese MS-DOS.
Luego para instalar el Windows Millenium puedes hacerlo de dos formas:
1- Desde el propio CD de Windows si este es autoejecutable, el CD es autoejecutable si es el Original (el legal) o si esta bien copiado si es pirata. Si es autoejecutable el CD tendrás que cambiar la opción del Setup de la BIOS en la cual pone la que es la primera unidad que se ejecuta (ahora lo tendrás en el disco duro) para entrar a la BIOS dependiendo de la marca que sea se hace apretando desde el inicio una tecla suele ser la de Supr o la F8. Una vez hecho el cambio en la BIOS reinicias metes el CD de Windows y te aparecerá el instalador de Windows Millenium.
2- Si el CD no es autoejecutable o no lo sabes hacer tendrás que hacerlo desde un disquete de inicio si no lo tienes lo puedes descargar desde
http://www.bootdisk.com/bootdisk.htm elije el de Windows Me OEM pasalo a un disquete y reinicia el ordenador con el disquete introducido una vez que inicie el disquete escribe D:\INSTALAR.EXE y te aparecerá el instalador de Windows Millenium, la letra DE es la del CD de Windows tu pon la que tenga puesta tu CD si no la sabes prueba diferentes letras, el nombre del ejecutable me parece que era ese INSTALAR.EXE pero vamos si eso miralo desde Windows 98 a ver que nombre tiene.
Ya una vez que te salga el instalador de Windows Millenium la cosa es facilísima te viene todo muy bien explicado.