Si Visual Basic se utiliza para crear programas, ¿Qué sistema se emplea desde cero, es dos?

Buena pregunta. No te lo puedo asegurar, pero yo diría que el 'programa' Visual Basic está hecho en una mezcla de Visual C++ y ensamblador, pero eso sólo lo saben a ciencia cierta los ingenieros de Microsoft.
Y ahora viene la explicación larga de lo que es la génesis de un lenguaje:
Un ordenador sólo entiende una codificación binaria de sus instrucciones llamadas Lenguaje Máquina. Dicho lenguaje máquina viene dado por la implementación física de los circuitos de los microprocesadores que lo componen, así que es específico de cada ordenador. Es decir, el lenguaje máquina de un Motorola 68000 es totalmente distinto del de un Intel 8086. En el caso de Intel, cada versión de sus procesadores es un superconjunto de la versión anterior lo que significa que tiene el conjunto de instrucciones de la versión anterior más un conjunto adicional de instrucciones nuevas (a grandes rasgos, aunque no siempre es exactamente así). Esto es un ejemplo de lenguaje máquina de 8086:
B81100
BB0500
01D8
Lo que ocurre es que el lenguaje máquina es casi imposible de entender para los seres humanos, así que pasamos a un nivel superior: el ensamblador. Asignamos a cada código de lenguaje máquina un mnemotécnico que sea más comprensible. Aunque sigue siendo muy lioso, hemos avanzado un paso. Por ejemplo, el lenguaje máquina anterior sería esto en ensamblador:
MOV AX, 0011
MOV BX, 0005
ADD AX,BX
Ahora que tenemos ensamblador podemos con él crear un programa que me permita crear otros programas. Sería un lenguaje de programación. Para empezar por algo sencillo, programamos un intérprete de BASIC. Las instrucciones anteriores quedarían en BASIC de la siguiente forma:
B=A+B
Y ahora se entiende mucho mejor. Sucesivamente vamos creando entornos de programación más potentes a partir de otros menos potentes. Es un poco complicado de entender, ya que parece que se ha creado algo de la nada, pero ese algo lleva años de desarrollo y un montón de trabajo por detrás, aunque se asemeja a la Teoría de la Evolución de Darwin. Pero quédate con la siguiente idea: Por muy potente y desarrollado que sea un ordenador y el software que en él se ejecuta, al final todo se reduce a Lenguaje Máquina.
Al final me parece que me he enrollado demasiado, pero si tienes alguna otra duda, aquí estoy.
Por cierto, DOS es un sistema operativo. En sí no te permite crear programas, pero fue una de las bases a través de las cuales hemos llegado al estado actual en el mundo del PC, mediante el sistema de refinamiento de los compiladores que ya comenté.