¿Qué pasos debo seguir para instalar en un pc con dos discos duros windows 98 y acceder a MSDos?

Instalas Windows desde el CD habilitando el arranque desde CD en la BIOS (a la BIOS dependiendo de la marca se accede pulsando una tecla al inicio
Luego como Windows 98 habrá eliminado el arranque de Windows XP, arrancando el CD de Windows XP y usando su consola de recuperación (se accede a ella desde la opción reparar R) le metes los comandos fixboot y fixmbr
Ahora esta el arranque de Windows XP, para convertirlo en dual y que te de opción a usar uno u otro Windows edita el archivo boot.ini (puede que este como archivo oculto o de sistema) del directorio raíz de Windows XP de una forma parecida a esta:
[boot loader]
timeout=20 default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Windows XP" /fastdetect
E:\="Windows 98"
Donde timeout es el tiempo que transcurrirá antes de arrancar el Windows XP por defecto (default), multi(0) identifica el controlador de disco si se inicia desde una unidad IDE, ESDI o EIDE (normalmente suele ser IDE 0), rdisk(0) indica el disco duro donde se encuentra Windows XP empezando a contar desde cero, partición(1) indica en que partición del disco se encuentra el Windows XP empezando a contar desde uno, \WINDOWS indica la carpeta donde se encuentra el núcleo (kernel) del Windows XP.
En cuanto a la opción de Windows 98 solo tienes que poner la letra de unidad en donde esta instalado.