Instalar S.O's

Disculpa la tardanza:
Primero debemos saber que a lo que llamamos rendimiento es el desempeño en general del disco duro, este desempeño lo constituyen varios factores, entre ellos: la velocidad de acceso a los datos, la taza de transferencia, la latencia, fragmentación, etc.
Pues bien, cuando un disco duro tiene un solo S. O., este tiene a su disposición todo el espacio de disco, pero cuando otro S. O. se instala, el espacio se comparte, según se le asigne a cada quien. Esto por si solo no disminuye el rendimiento, pero si disminuye la velocidad de acceso a los archivos puesto que las cabezas de lectura tienen que recorrer más camino hasta los datos.
Debes saber también, que cuando se instala un S. O. previamente se hace una partición en el mismo, ya sea con FDISK o algún otro programa como Partition Magic, este programa lo que hace es dividir el disco duro lógicamente, no físicamente, es como si pintara una línea divisoria en el disco duro para señalar el espacio que ocupará cada S. O.
Esto por si solo ya afecta un poco el rendimiento, ya que se comparte el espacio y pudiera ser que uno de los dos S. O. sea más pesado que el otro. Es como si tu tuvieras dos novias, con una le puedes dedicar más tiempo, pero con dos a la vez es más problema, tienes que dividir tu tiempo, dinero y esfuerzo, etc. ¿Captas?. Sigues siendo el mismo, pero tiene más trabajo que atender.
Así pasa con el disco que tiene dos o más S. O.'s tiene más trabajo que atender y por lo tanto su rendimiento pudiera verse afectado. Quizá no de manera inmediata pero si con el tiempo.
Ahora imagínate un disco duro con muchos S. O. instalados...!
Aparte de que no es recomendable hacerlo, si se vería afectado bastante.
Espero haber disipado tus dudas. OK.

Yo al instalar el nuevo s.o, primero formateo el disco duro y después lo instalo (borrando el s.o que tenia anteriormente), ¿es eso bueno?

Si estas dispuesto a esperar todo ese tiempo (de 20 a 45 minutos)que se lleva formatear e instalar nuevamente el S. O., pues no hay problema. Pero si lo haces muy seguido estas desgastando más pronto al disco duro innecesariamente.
Por eso es aconsejable crear particiones y grabar un S. O. en cada una, de ese modo solo tienes que formatear solo la partición del S. O. que quieres borrar, y no todo el disco.
Aunque te advierto que trabajar con varios S. O. en un mismo disco duro puede ser riesgoso, pudiera suceder que falle una partición y en ese caso no hay más solución que formatear todo el disco y borrar todas las particiones y crearlas de nuevo, perdiendo así los datos de las particiones buenas.

Tengo un disco duro principal de 35 gb, mi pregunta es como crear una partición para un s.o con fdisk (ej: una unidad de disco DE, E y G, para Windows 98, Windows Me y Windows Xp respectivamente) si es por el espacio, ocupo poco, no lo tengas en cuenta por favor