Problema con Linux y Windows 98

Epalex.. Tengo un problemita instalando Red Hat 7.0, poseo una máquina con dos DD: 30gb y 8gb, en el primero tengo (en este orden) windows 98, y windows 2000, y el segundo disco está vacío. Decidí instalar linux para aprender a usarlo. Para evitar "problemas" lo instalé en el disco de 8 gb. Bueno, ahora resulta que mi windows 98 parece ser que está detectando una de las particiones del linux ya que me muestra otro disco en MI PC, pero cuando intenta acceder a él, o simplemente abrir el explorador de windows se queda guindado por largo rato. Tuve que desconectar mi 2do disco duro. ¿Qué podrá estar pasando? ¿Tendrás alguna sugerencia? Gracias de antemano..