Error al iniciar windows

No pude responderte a tiempo, mil disculpas. En cuanto a lo que preguntabas acerca del problema al iniciar tu pc (scandisk), lo más probable es tu disco tenga problemas... te recomiendo insistentemente hacer un backup de los datos que tienes almacenados, luego formatea tu disco (completo), si tiene problemas, se te avisará, si no tiene, el formato se completará sin inconvenientes. Luego, si todo esta bien, reinstala y copia nuevamente tu data. Si tu disco presenta problemas, te sugiero que lo cambies cuanto antes.

Prueba haciendo scandisk desde DOS puro, es decir desde un disco de arranque de windows si eso no resuelve el problema entonces instala y utiliza norton que resuelve múltiples problemas en windows. No le des la prueba estándar ya que el problema que tienes es de algún sector o cluster dañado al final del disco duro que impide que cierre el sistema como es debido.
Suerte y éxitos!

Estaba mirando tu mensaje y cuando llegué a la parte de "tengo windows Millenium" dije, ¡Tate!, ahí esta el problema pero cuando pones que el PC te muestra la frase "Ahora puede apagar el equipo" eso ya me suena un poco raro. Mira tu equipo es ATX lo cual significa que debe apagarse automáticamente desde software y no necesitas pulsar el botón de apagado. La frase de ya puede apagar el equipo es típica de los equipos AT que si tenias que pulsar ese botón.
Tu problema aunque no te lo parezca son los drivers de la gráfica, de la tarjeta de sonido o de algún periférico adicional aunque yo apostaría por las dos primeras. Reinstala los drivers de la gráfica y de la tarjeta de sonido y seguramente cuando le des a apagar el equipo no te aparecerá el mensaje de "Ahora puede apagar el equipo" sino que te apagará todo automáticamente sin que tu pulses el botón de la CPU.
Venga Wasting, espero haberte solucionado tu problemilla y si tienes otra de estas ya sabes donde estoy

Bien pueden haber varias causas. Como primera recomendación es que permitas que termine todo el proceso de verificación física del disco y después cierra el sistema de forma correcta. Si esto no funciona puede ser que algún programa instalado recientemente haya reemplazado algún archivo de windows y por eso te este ocurriendo eso. (Intenta desinstalando el último programa instalado). Supongo que su sistema es Windows 98. En cualquier caso haga copia de sus archivos importantes, parece que es un error que se esta presentando de forma seguida (no descartemos un virus).
Suerte.

Posiblemente usa vez apagastew mal el ordenador y un archivo de arranque o un archivo final (los que se modificanal apagar windows) se dañara, por lo que el ordenador siempre pensará que has cerrado erróneamente windows. Para eso, hay una solución, reinstalar windows y así esos archivos de los que te hablaba. Pero hay otra solución más apropiada si usas windows 98 ó 2000. Vete a la ventanita de msdos o simplemente INICIO/BUSCAR, buscas "msdos.sys". Una vez encontrado editalo y en las primeras líneas de este archivo, intenta buscar esta linea: "Scan = 1", pues bien, cambia el valor 1 por el 0 y scandisk no te dara más la lata. Un saludión!