Tu problema es un problema clásico de virus, si se te lentea al iniciar o se te lentea al apagar es virus, ya que los virus arrancan junto con el sistema operativo y luego se mantienen ahí, entonces el tiempo de arrancar aumenta considerablemente.
El programa lo puedes buscar manualmente y eliminarlo y luego pasar el CCleaner en la opción de registro para borrarlo del registro de windows, este programa supuestamente mantiene el registro de windows actualizado y depurado para que no este nada fuera de lugar, pero vamos, que no sirve.
Lo que puedes hacer es:
Tratar de desinfectar tu computadora, pero ojo, los virus son como el cáncer, en este momento tu pc tiene cáncer, si la curas va a quedar deteriorada, al igual que una persona, no va a ser tan rápida y esas cosas como era antes ya que el virus anda haciendo estragos en tu pc y probablemente tienes muchas cosas ahí que andan fastidiando, para tratar de desinfectar tu pc primero tienes que.
1) Borrar todos los programas que no uses
2) Quitar todas las entradas del arranque de windows que no sepas de que son.
3) Desinstalar tu antivirus actual, que no sirve porque tu pc tiene virus e instalar el McAfee
http://www.taringa.net/posts/taringa/8368445/Mcafee-Total-Protection-2011-Free-por-1-ano.html 4) Instalar los siguientes programas anti malware.
Spybot Search & Destroy 2.0
Malwarebytes Anti-Malware 1.51.1
http://www.filehippo.com/es/download_malwarebytes_anti_malware/
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Te digo el McAfee porque es el mejor antivirus para usuarios normales, los programas que te digo los instalas, los actualizas y escaneas la pc en el orden que te los he mencionado. Si sigues las recomendaciones mías se te irán los virus.